Den baskiske by Guernica bombes af tyske bombefly og byen bliver lagt totalt i ruiner, på nær den hellige eg og bygningerne omkring denne. Bombningen bliver med Pablo Picassos maleri ´Guernica´ et symbol for baskernes kamp og for kampen mod Francos falangister

I slutningen af 1936 får tre af de baskiske provinser Araba, Bizkaya og Gipuzkoa selvstyre. I realiteten kommer den dog kun til at gælde for Bizkaya, fordi Francos styrker allerede har indtaget Araba og det meste af Gipuzkoa.
Den 7. oktober 1936 får Euskadi (fællesbetegnelse for de tre autonome provinser) sin første præsident og regering.
Det autonome Euskadis historie bliver kort og tragisk. Den baskiske koalitionsregering styrer området stort set egenhændigt, og centralregeringen's direktiver har ikke den store betydning.
Men da Francostyrkerne indleder deres angreb på Euskadi, ændres situationen drastisk. De dårligt udrustede baskiske styrker må overgive stilling efter stilling til fjenden, som blandt andet udgøres af fascistiske 'karlister' fra Naffaroa.
Den spanske borgerkrig er et hårdt slag for baskerne. 50.000 dør, 100.000 bliver interneret, hvoraf 1000 bliver henrettet og 200.000 går i eksil. Derudover bliver 20.000 børn sendt ud af landet til centre i Europa.