Muslimerne får lov til at bevare kontrollen med Tempelbjerget og al-Aqsa Moskeen i Jerusalem, og byen bliver ved med at være åben for mennesker fra alle trossamfund

Den 18. februar 1229 undertegner den hellige romerske kejser Frederik II en fredsaftale med den egyptiske sultan al-Kamil. Dermed afslutter Frederik sit korstog med succes uden at have været i kamp, noget der forarger hans kristne allierede og Paven selv.
Siden det Første Korstog i 1099 indtog Jerusalem i et orgie af blod, har det Hellige Land været en næsten konstant krigsskueplads mellem forskellige kristne og muslimske hære. Selv om Jerusalem er blevet generobret af en muslimsk hær under Saladin i 1187, fortsætter de kristne korsfarerstater kampen, og med jævne mellemrum sender Paven nye korstog afsted i et forsøg på at genvinde det tabte, dog uden held.
I 1220 afgiver Frederik, kongen af de Tyske Lande, et løfte til Paven om, at han vil deltage i det Femte Korstog med sin tyske hær til gengæld for, at Paven kroner ham til kejser over det Hellige Romerske Rige.
I 1225 gifter Frederik sig med Yolande, der er arving til Kongeriget Jerusalem, den største af korsfarerstaterne, der på trods af sit navn slet ikke har kontrol over Jerusalem. Da Frederik således gennem sin kone er blevet retmæssig arving til Jerusalem, samler han i 1227 en hær for at drage ned og generobre `sin` ejendom. På vejen udbryder der imidlertid en epidemi i hans hær, og Frederik må vende hjem igen.
Det Femte Korstogs fiasko bliver en glimrende chance for Pave Gregor IX til at ekskommunikere Frederik, der har truet Pavens magt i Italien. Frederik er dermed reelt smidt ud af den Katolske Kirke, en meget alvorlig sag i Middelalderens Europa.
Frederik beslutter derfor at gøre endnu et forsøg på at generobre Jerusalem, og i 1228 rejser han afsted uden Pavens velsignelse med en sølle lille hær, der ingen chance har for at gennemføre sit forehavende.
Ved ankomsten til det hellige land bruger Frederik flere måneder på at spille de forskellige kristne stater ud imod hinanden, og ved at spille sine kort rigtigt får han dem alle sammen til i princippet at erklære deres støtte til hans korstog. Med forsigtigt diplomati lykkes det også for Frederik at få støtte fra de kirkelige ridderordner Tempelridderne, den Teutonske Orden og Johanitterordenen.
Med sin lille hær, men med symbolsk støtte fra alle kristne styrker i det Hellige Land, drager Frederik nu mod Jerusalem. Inden han når frem bliver han imidlertid mødt af den Egyptiske sultan al-Kamil, der hersker i området. Al-Kamil har i forvejen problemer med et oprør i Syrien, og har ikke lyst til at lægge sig ud med alle korsfarerstaterne ved at banke Frederiks lille hær.
Efter lange forhandlinger underskriver begge parter den 18. februar 1229 en fredsaftale, der giver Frederik ikke bare Jerusalem men også Nazareth, Sidon, Jaffa og Bethlehem. Med klogt diplomati har Frederik generobret alle de kristnes hellige steder uden at det har kostet menneskeliv. Muslimerne får lov til at bevare kontrollen med Tempelbjerget og al-Aqsa Moskeen i Jerusalem, og byen bliver ved med at være åben for mennesker fra alle trossamfund.
Efter at have moret sig med at lege konge af Jerusalem i nogle uger rejser Frederik hjem igen for at føre krig mod Paven og tvinge ham til at ophæve ekskommunikationen.
I længden holder det kristne overherredømme i Jerusalem dog ikke. De andre korsfarerstater har ikke tænkt sig at anstrenge sig for at beskytte den romerske kejsers interesser i Jerusalem, og byen bliver i 1244 generobret af Khwarezm-tyrkerne. Det kommer til at vare endnu 100 år, før de kristne besættelsesstyrker er helt ude af Mellemøsten, og hverken før eller siden kommer det til at foregå så fredeligt som under Frederik II.