Efter valgnederlaget 13. juni står JuniBevægelsen med alvorlige økonomiske og politiske problemer

Bevægelsen har en gæld på mere end to millioner kroner. Drude Dahlerup siger ifølge Berlingske Tidende, at en konkurs kan blive en realitet.
Valgnederlaget har desuden udløst politisk uro i bevægelsen. Således fik Jens Peter Bonde med knebent flertal vedtaget, at JuniBevægelsens landskontor i København skal lukkes, for at trække ressourcerne til Bruxelles. Beslutningen viste sig dog at være i strid med vedtægterne, og er derfor ikke blevet effektueret.
Drude Dahlerup advarer mod at lukke det danske landskontor.