Allerede i marts 2003 blev den danske regering advaret af FN`s Menneskerettighedskommission, om at der var fanger, som fortalte om mishandlinger i den amerikanske Kandahar-lejr i Afghanistan

De påståede overgreb skulle have fundet sted den 17. marts 2002, sammen dag hvor de danske soldater afleverede 31 fanger til lejren. Rapporten blev givet til Udenrigsministeriets FN-mission i Genéve, skriver Politiken. Også i marts 2002 udtrykte FN bekymring over forholdene for fangerne i lejre i Afghanistan, i en rapport som Danmark også modtog.
Regeringen påstår ellers i sin redegørelse fra december 2006, at den først blev opmærksom på mishandlingerne af de afghanske fanger i september 2005.