Med sine 60.000 billeder er Frihedsmuseets fotoarkiv den største specialsamling om den tyske besættelse af Danmark og den efterfølgende frihedskamp. Efter nedbrændingen af museets bygning bevares det omfattende materiale af originale papirfotos i Nationalmuseets Bevaringafdeling i Brede.

Desuden har Nationalmuseet lagt en mindre del, som omfatter mange af de mest anvendte billeder ud på netadressen http://cumulus.natmus.dk/#1409578105410_1. De cirka 6500 fotos i dette arkiv er til gratis afbenyttelse af både private og professionelle. Det kan downloades i en udgave, der kun egner sig til at lægge på nettet.

Frihedsmuseets digitale fotoarkiv blev skabt i 2000, da Frihedsmuseet udgav CD'en Besættelsestiden i Billeder. Den omfattede digitale gengivelser i jpg-format af cirka 4.000 fotos fra fotoarktivet.

Desuden har Kulturministeriet afsat fire millioner kroner til en digitalisering af Frihedsmuseets materiale. Det fremtidige digitale arkiv vil omfatte 200.000 dokumenter, 60.000 fotografier, 2.000 lydbånd samt 200 filmklip. Materialet skildrer på forskellig vis modstandsbevægelsens opståen og udvikling, frihedskampen samt besættelsestidens Danmark.